耶拿高速PCR儀在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)中的應(yīng)用

耶拿高速PCR儀在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)中的應(yīng)用

01

什么是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序

      單細胞轉(zhuǎn)錄組測序就是在單個細胞水平上對轉(zhuǎn)錄組進行測序的技術(shù)，可以研究在單個細胞內(nèi)基因表達的情況。而傳統(tǒng)的測序技術(shù)，是在多細胞基礎(chǔ)上進行的，得到的是多細胞中信號的均值，往往就會忽略了細胞的異質(zhì)性，會掩蓋細胞間差異性的信號（圖1）。而單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)則可以在單細胞水平上分析細胞內(nèi)群體異質(zhì)性，定義細胞類型，判斷細胞狀態(tài)以及細胞的動態(tài)轉(zhuǎn)變，在當(dāng)下腫瘤方向研究、發(fā)育生物學(xué)、生物標(biāo)志物等研究領(lǐng)域都具有廣闊的應(yīng)用潛力。

圖1.單細胞轉(zhuǎn)錄組測序和傳統(tǒng)測序的區(qū)別（摘自網(wǎng)絡(luò)）

02

單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)流程

      以10x Genomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)為例，該技術(shù)流程可以簡單總結(jié)為四個步驟，分別是：制備樣本，單細胞微滴（GEMs）生成，構(gòu)建文庫和測序以及分析（圖2）

圖2. 單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)流程

      其中，在逆轉(zhuǎn)錄、cDNA擴增以及構(gòu)建文庫步驟中，PCR儀扮演著重要的角色，具體細分步驟可參考下圖（圖3），包括逆轉(zhuǎn)錄，cDNA擴增，片段化、末端修復(fù)和加A尾，接頭連接以及文庫擴增步驟：

圖3. 單細胞轉(zhuǎn)錄組測序中需要應(yīng)用PCR儀的步驟

       由于單細胞轉(zhuǎn)錄組測序在使用PCR儀的過程中涉及到大體積的體系構(gòu)建（100ul），對PCR儀加熱模塊的溫度均一性和精確度都有較高的性能要求，德國耶拿Biometra TAdvanced 96SG具有優(yōu)異的溫控系統(tǒng)，溫度準(zhǔn)確性達到±0.1℃，溫度均一性達到±0.15℃，適用于5-100ul反應(yīng)體系大小，是單細胞轉(zhuǎn)錄組測序流程中逆轉(zhuǎn)錄、cDNA擴增和文庫構(gòu)建步驟中的得力助手，可以提供穩(wěn)定、可靠，更多符合下游測序要求的產(chǎn)物。

    值得一提的是，德國耶拿Biometra TAdvanced 96SG是10xGenomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序操作手冊中推薦使用的PCR儀之一（圖4），這也進一步說明10xGenomics對Biometra TAdvanced 96SG性能的肯定。

圖4. 10xGenomics在單細胞轉(zhuǎn)錄組測序手冊中推薦了Analytikjena Jena的Biometra TAdvanced 96SG（摘自10xGenomics單細胞轉(zhuǎn)錄組測序操作手冊）